Arti Lambang:
1. Bintang merupakan Simbol Ketuhanan dan Ketakwaan Masyarakat Wakatobi kepada Tuhan Yang Maha Esa.
2. Lambang berbentuk Perisai Bersudut Lima sebagai simbol Lima Sila Pancasila sebagai Dasar Negara dan Perisai sebagai simbpaol pertahanan diri masyarakat Wakatobi dari berbagai ancaman dan gangguan.
3. Bis Hitam yang melingkari Perisai Bersudut Lima sebagai simbol tali persatuan, persaudaraan masyarakat Kabupaten Wakatobi (Ara No Poassa Nahada Bisa Te Wungka No Dete).
Dasar Lambang Biru Tua (Biru Laut) bahwa Kabupaten Wakatobi dikelilingi laut, sebagai penghubung pulau yang satu dan pulau lainnya, dimana luas wilayah laut 13.900 km2, dan luas wilayah daratan 822,15 km2.
4. Mahkota dengan 9 (sembilan) Permata sebagai simbol bahwa masyarakat Wakatobi sebagai masyarakat berbudaya dengan 9 (sembilan) ragam budaya yang menonjol yaitu Budaya Masyarakat Wanci, Budaya Masyarakat Mandati, Budaya Masyarakat Liya, Budaya Masyarakat Kapota, Budaya Masyarakat Kaledupa, Budaya Masyarakat Tomia, Budaya Masyarakat Binongko, Budaya Masyarakat Cia-Cia dan Budaya Masyarakat Bajo yang terangkai dengan lingkaran mahkota menjadi satu ikatan.
5. Padi dan Kapas sebagai simbol kemakmuran dan kesejahteraan masyarakat Wakatobi.
6. Padi berjumlah 29 butir sebagai simbol bahwa Kabupaten Wakatobi terbentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor 29 Tahun 2003.
7. Kapas berjumlah 18 kelopak sebagai simbol tanggal 18 Desember 2003, sebagai tanggal penetapan terbentuknya Kabupaten Wakatobi.
8. Tujuh Pita (tali) yang mengikat Padi dan Kapas sebagai simbol Kabupaten Wakatobi diresmikan pada tanggal 7 Januari 2007.
9. Perahu dengan Layar Terkembang (palitanga) sebagai simbol keuletan mengarungi lautan mencari nafkah di daerah lain, juga sebagai simbol keuletan masyarakat Wakatobi dalam meraih cita-cita, serta simbol bahwa masyarakat Wakatobi mata pencaharian mayoritas adalah pelayar/pelaut yang ulung.
10. Latar belakang Biru Langit melambangkan simbol keceriaan dan keramahtamaan masyarakat Wakatobi.
11. Empat Pulau melambangkan Kabupaten Wakatobi terdiri dari Pulau Wangi-Wangi, Kaledupa, Tomia dan Binongko, dimana Wakatobi merupakan singkatan dari nama empat pulau tersebut.
12. Gelombang Laut melambangkan bahwa Kabupaten Wakatobi pada musim angin timur dan angin barat tekenal dengan ombak lautnya. Juga melambangkan semangat yang keras dan dinamika masyarakat Wakatobi yang gagah berani dan berjiwa patriotis menghadapi berbagai tantangan kehidupan (Tara Turu Toro).
13. Tujuh gelombang yang menonjol menggambarkan tujuh gelombang selat yaitu gelombang selat antara Pulau Buton dengan Pulau Wangi-Wangi, Pulau Wangi-Wangi dengan Pulau Kaledupa, Pulau Kaledupa dengan Pulau Hoga, Pulau Kaledupa dengan Pulau Tomia, Pulau Tomia dengan Pulau Binongko, Pulau Binongko dengan Pulau Moromaho, Pulau Tomia dan Pulau Runduma.
